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练习_对fastq文件进行读写

利用python脚本对fastq文件进行处理

• 首先读取fastq文件，由于该文件为压缩的二进制文件，调用gzip模块打开
• 其次，根据fastq文件格式特点，对文件进行分离处理，第一行为序列id信息，紧接着的三行与第一行为对应关系，即采用字典的键值对应
• 定义函数，对fastq文件进行读写
• 后续增加文件处理函数，并进行调整

import gzip # 定义函数读取fastq文件 def read_fastq(seq): with gzip.open(r'*.fastq.gz','rb') as input_file: NR = 0 # NR 读取数据的行数数值，初始化值为0 for line in input_file: if NR %4 == 0: # 根据行数进行判断 seq_id = line.decode() # 对二进制文件解码 seq[seq_id] = "" # 将该id对应的初始值设为空 else: seq[seq_id] += line.decode() # 将对应的序列+以及质量值信息添加到该id键对应的值 NR += 1 input_file.close() # 定义函数写入fastq def write_fastq(seq): with gzip.open(r'*.fastq.gz','wb') as output_file: for key, value in seq.items(): # 遍历上一步得到的字典，并将其写入到新的文件中 # print(key,value) output_file.write(key.encode()) # 将str转换为二进制文件 output_file.