AI与线粒体「数字孪生」模型能否加速药物发现?
基于4D晶格光片显微镜的虚拟细胞可预测线粒体对药物的应答,有望加快治疗药物的发现进程。
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美国加利福尼亚州的ucsd.edu研究创新部门的研究人员开发了2种数字模型,可依据线粒体形态变化预测细胞健康状态与药物应答。在药物发现早期阶段,这些模型或可降低对耗时实验室实验的依赖,加快多种疾病的研发进程。
线粒体在细胞内通过动态网络持续运动,保障能量输送至需求最高的位置。但在疾病状态下,这些线粒体网络会发生形态畸变,因此可作为疾病标志物。受限于该体系静态的2维快照观测方式,解析网络变化如何确切影响细胞健康一直存在阻碍。如今,2套数字模型的开发有望解决该问题。
圣地亚哥的研究人员发表2篇论文,分别详述1种量化线粒体药物应答变化的方法。2种数字技术均基于单细胞晶格光片显微镜影像开发,该影像可捕捉线粒体随时间发生的3维运动。
第1种方法是名为mitospace.ai的AI模型1,使用40,000份经25种线粒体干扰化合物处理的癌细胞4D视频完成训练。仅依靠线粒体形态,该模型即可将对化合物应答相近的细胞归类,准确率接近75%。药物筛选中常用的基于2维图像训练的AI模型准确率仅为56%,本模型相较提升显著。
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第2种方法利用4D影像构建人头颈鳞状癌细胞的「数字孪生」,制定这套虚拟细胞必须遵循的一系列运行规则2。研究团队借助专用图像分析软件,将线粒体网络精细映射至马达蛋白与微管轨道。团队反复调试该网络,使其模拟出人类细胞内真实的线粒体转运过程。
2篇论文的共同通讯作者Johannes Schöneberg表示:「搭建了1套基于物理学的虚拟细胞,并且能够将其与真实3维显微影像做并行比对,这在以往无法实现。」研究团队使用微管破坏剂nocodazole处理模型,让其预测应答表现,模型输出与真实细胞的反应高度吻合:线粒体运动、融合与分裂速率均出现下降。
2种模型在无需开展实验室细胞实验的条件下,展现出预测细胞健康状态与药物应答的巨大潜力。面向未来,该团队计划融合这2套数字技术搭建工作流:先在海量数据中挖掘细胞模式,再探究该模式背后的物理机制。若将模型拓展,纳入其他细胞器,就能够研究完整虚拟细胞及其应答,使其成为细胞生物学其他研究方向的优质工具。
Schöneberg补充道:「最终目标不是单个细胞,而是模拟多细胞构成的组织。对完整组织建模,将帮助仿真更贴近真实的人类生物学,并最终为临床治疗提供参考依据。」
详细总结
思维导图
基础信息
2套模型核心信息
研究价值、未来规划与局限
参考
[0] Could AI and ‘digital twin’ models of mitochondria accelerate drug discovery?
https://www.biotechniques.com/computational-biology/could-ai-and-digital-twin-models-of-mitochondria-accelerate-drug-discovery/
[1] 4D spatiotemporal landscape of mitochondrial phenotypes across cellular states unlocked through representation learning. Cell 189(19), 5962–5979 (2026)
[2] Whole-cell particle-based digital twin simulations from 4D lattice light-sheet microscopy data. Cell 189(15), 4581–4593 (2026)
注:AI辅助创作,如有不当欢迎指出。内容仅供参考,不构成任何建议。