企业官网建设流程全解析

与上一篇类似，但是这个更精简：

1.借助测序公司的功能批注程序，往往包含kegg, CAZy, CARD, eggnog等不同的批注方式；

这其中，CAYz的注释就是专门针对各种酶的。

2.借助已知酶蛋白序列，通过基因组\\蛋白组序列文件的blastn\\blastp功能，查找相似序列；

E-value范围在10e-50 ~ 10e-100之间的，就是我们的靶标序列；

E-value范围在10e-10 ~ 10e-50之间的序列，可能是我们靶标序列的同系物；

3.通过保守功能域进行查找，有时候，由于各种各样的原因，比如说现有数据库的基本批注功能并不能够满足我们的需求；

这时候，先进行对现有已知酶序列进行alignment，找到保守的短序列，在基因组、蛋白组序列文件中直接查找，这种方法大多数情况下，也是可行、可信的。

4.借助Interpro的Pfam蛋白功能域批注：

pfam功能批注，并不是标准的三代测序\\宏基因组测序的分析项目，但是它有一个巨大的优点，在查找潜在酶蛋白序列时是很实用的；它可以：

1）对已知酶序列进行pfam批注；

2）对测序结果 panbio\\宏基因组等进行pfam批注；

3）根据对已知酶序列的批注情况，从2）的结果中筛选相同功能域的蛋白序列，即是我们潜在的靶标酶序列。

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