仅用四步教你Alphafold2在线预测蛋白二级结构
2026/4/25 3:29:19
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准备工作:搭梯子,我相信大多数人在这一步卡住了。这时可以求助一些做结构的同学。实在不行,还可以加强自己的技能部署Alphafold3开源版本。
- 第一步:打开网站地址(https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb#scrollTo=G4yBrceuFbf3),如图1:
图1.AlphaFold预测结构界面
- 第二步:在query_sequence中输入自己的蛋白序列。我要的序列是Uniprot上没有解析过的蛋白,所以我就从Uniprot上Sequence这一栏里复制粘贴它的AA序列(如图2)。
图2.序列粘贴进Query_sequence中
注意:单个蛋白序列直接输入就行,多个蛋白序列需要用冒号(:)来连接。
- 第三步:点击运行->全部运行(如图3)。需要提前登录google账号。
图3.复制粘贴序列 - 第四步:数据包会自动下载,一般会选择rank1的结构(如图4)。PDB文件用PyMOL软件可查看。
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图4.压缩包打开即可看到预测结构的PDB文件